Mi caja de herramientas

En esta entrada les presento mi caja de herramientas, con aquellas que considero más apropiadas para la redacción efectiva de artículos de investigación.

 

Procesador de texto

La herramienta más elemental para redactar un artículo de investigación es el procesador de texto. En el procesador de texto se escribe la mayor parte del contenido del artículo, describiendo la metodología utilizada, detallando los resultados de la investigación, y ofreciendo una interpretación de los hallazgos obtenidos. Habitualmente, los procesadores de texto forman parte de paquetes ofimáticos, que incluyen además hojas de cálculo, diseñador de presentaciones, y otras herramientas.

A pesar de su popularidad, no estoy a favor de Microsoft Office. Mi opción como procesador de texto para redactar artículos y reportes de investigación es el Writer de LibreOffice. Es gratuito, estable, eficiente, se integra bien con otras herramientas (como Mendeley) y hace todo lo que se podría hacer con MS Word.

Interfaz del procesador de texto Writer del paquete ofimático LibreOffice

Interfaz del procesador de texto Writer del paquete ofimático LibreOffice

Hay versiones de LibreOffice para Windows, Mac y Linux, y la interfaz de usuario puede configurarse para docenas de idiomas. La última versión de LibreOffice se puede descargar desde su sitio web en https://es.libreoffice.org/

 

Gestor de referencias

Otra herramienta esencial a la hora de redactar artículos científicos es el gestor de referencias. Junto con el procesador de texto, el gestor de referencias es un elemento obligatorio en toda caja de herramientas de redacción científica. Intentar redactar un artículo o reporte de investigación insertando las citaciones y formateando las referencias y bibliografías manualmente es uno de los errores que con mayor frecuencia veo. Sin las herramientas adecuadas, el proceso de citar y referenciar puede llegar a ser extremadamente frustrante, agotador, y propenso a error.

Existen muchas opciones en el mercado académico, incluyendo opciones tanto gratuitas (v.g., Zotero) como comerciales (v.g., EndNote). Sin embargo, mi elección como gestor de referencias es Mendeley, disponible gratuitamente en https://www.mendeley.com. Varias son las opciones por las cuales considero a este gestor de referencias superior a otros:

 

Integración web

Mendeley me permite capturar los metadatos (v.g., título del articulo, autores, datos de publicación) directamente desde mi navegador web. En el caso de que el PDF del artículo esté disponible, Mendeley lo importa automáticamente también.

Captura de metadatos de un artículo de PubMed mediante una extensión web de Mendeley

Captura de metadatos de un artículo de PubMed mediante una extensión web de Mendeley

Esta integración es muy conveniente, pues me permite ir recolectando referencias potencialmente útiles, importándolas a mi base de datos online.

 

Sincronización offline multiplataforma

Mendeley permite sincronizar las referencias con un cliente de escritorio disponible para múltiples plataformas, incluyendo Linux, Mac, Windows, y Android. De este modo, es posible mantener copias locales de la base de datos de referencias, y usar esta copia local para insertar las referencias en el texto a medida que se va redactando el artículo de investigación.

Cliente de escritorio de Mendeley mostrado la base de datos con los artículos registrados

Cliente de escritorio de Mendeley mostrado la base de datos con los artículos registrados

El cliente de escritorio permite además gestionar los PDFs de los artículos registrados en la base de datos, insertar notas en los mismos y resaltar párrafos de interés. Todo esto facilita enormemente el proceso de redacción.

 

Integración con procesadores de texto

Mendeley se integra perfectamente con los procesadores de texto de Microsoft Office y de LibreOffice. La integración se realiza a través de una extensión que se instala desde el cliente de escritorio de Mendeley. Esta extensión crea un menú en el procesador de texto con el cual se pueden insertar citas y formatear referencias en cientos de estilos diferentes con un par de clicks.

Proceso de insertar citas en LibreOffice Writer a través de la extensión del cliente de escritorio de Mendeley

Proceso de insertar citas en LibreOffice Writer a través de la extensión del cliente de escritorio de Mendeley

Esta característica es definitivamente la que hace necesario el uso de gestores de referencias para la redacción de artículos y reportes de investigación. Sólo para poder hacer uso de esta característica, se justifica el esfuerzo que podría significar el aprender a usar esta herramienta (sobre todo para aquellos que no leen en inglés, idioma en el que se encuentra la interfaz gráfica de Mendeley).

 

Comunidad y noticias

Mendeley es mucho más que un gestor de referencias. Al crearse una cuenta en Mendeley, el usuario tiene la opción de interaccionar con otros investigadores a través de la red cientifica de Elsevier (propiertarios de Mendeley). Más aún, Mendeley genera noticias y recomienda artículos basados en aquellos registrados en la base de datos del usuario, lo que ayuda enormemente a identificar nuevos artículos y a mantenerse al día e informado sobre los avances científicos del área específica del usuario.

 

Análisis de datos y diseño de gráficos

La mayoría de los artículos y reportes de investigación en el área de STEM presentan resultados de análisis estadísticos (ya sea descriptivos, asociativos, inferenciales o predictivos). Estos análisis se realizan mediante paquetes informáticos, de los cuales existe un amplio rango de opciones en el mercado. Desde que empecé a analizar datos para mis propios artículos hace más de 10 años, he usado varios paquetes informáticos, incluyendo Epi-Info, GraphPad, SPSS y Stata. Ya sea por cuestiones de costo, calidad de gráficos, o de control de análisis, ninguno de estos paquetes forman parte de mi caja de herramientas en la actualidad.

Mi opción en este aspecto es R, un lenguaje de programación orientado al análisis estadístico. R me permite realizar desde análisis estadísticos sencillos hasta modelos de regresión complejos, manteniendo en todo momento el control sobre el flujo de trabajo. Con el uso de paquetes adicionales (notablemente ggplot2), es posible generar gráficos listos para publicación que son superiores a cualquiera de los generados por los otros citados previamente.

R está disponible para plataformas Linux, Mac y Windows, y puede descargarse gratuitamente desde https://www.r-project.org/. Mi opción favorita como interfaz gráfica para R es RStudio, también disponible para todas las plataformas. RStudio puede descargarse gratuitamente desde https://www.rstudio.com/.

Interfaz gráfica de RStudio mostrando el guión, la consola, el entorno, y el visualizador de gráficos

Interfaz gráfica de RStudio mostrando el guión, la consola, el entorno, y el visualizador de gráficos

Python es otra alternativa para el análisis de datos. Python es capaz de hacer todo lo que R hace, y puede ser más sencillo de aprender como primer lenguaje de programación. Mi elección de distribución para Python es Anaconda, disponible gratuitamente desde https://www.anaconda.com/download/.

La distribución Anaconda de Python permite instalar varias aplicaciones gráficas para el análisis de datos

La distribución Anaconda de Python permite instalar varias aplicaciones gráficas para el análisis de datos

 

Otras herramientas

Otras herramientas que forman parte de mi flujo de trabajo habitual al redactar articulos de investigación incluyen un servicio de almanenamiento en la nube y un sistema de control de versión. Para el primer caso, mi elección es Dropbox, aunque Google Drive es una excelente opción también. Independientemente del proveedor, es absolutamente necesario el contar con un sistema de respaldo en línea de todos los archivos y documentos relacionados con un proyecto de investigación. Las consecuencias de perder estos archivos y documentos (por un fallo de hardware, descarga eléctrica, robo, y cualquier otra situación imaginable) podrían ser catastróficas.

Con respecto al sistema de control de versión, una breve revisión del proceso de publicación académica permitirá demostrar la importancia de contar con dicho sistema. Este proceso habitualmente involucra el enviar los artículos de investigación a revistas arbitradas para su evaluación por otros investigadores y académicos del área. Una vez hecha esta evaluación, los artículos son enviados de regreso al autor, con recomendaciones y sugerencias. Tomando en cuenta estas recomendaciones y sugerencias, el autor corrige el artículo y lo vuelve a enviar, ya sea a la misma revista o a otra. Este proceso se repite una y otra vez hasta que el artículo es considerado apropiado por los revisores y por el Comité Editorial de la revista en la que se pretende publicar. Por lo tanto, van apareciendo diferencias entre las distintas versiones de un artículo de investigación a medida que se va avanzando en el proceso de revisión por pares. De ahí la importancia de contar con un sistema que permita rastrear estos cambios.

Mi elección de sistema de control de versión es git, una herramienta sumamente útil, sobre todo cuando se utiliza en conjunto con un repositorio online como GitHub. GitHub me permite no sólo mantener un registro de las distintas versiones de un artículo de investigación, sino además publicar análisis y resultados adicionales y complementarios. Sirve además como un portafolio de los proyectos de investigación en los que estuve trabajando, y como evidencia de los análisis que llevé a cabo. Se puede acceder a mi repositorio desde https://github.com/alcideschaux.

 

Conclusiones

Mi caja de herramientas básicas para la redacción de artículos de investigación incluye el Writer de LibreOffice como procesador de texto, Mendeley como gestor de referencias, y R + RStudio para el análisis de datos y diseño de gráficos estadísticos. Incluso es posible redactar todo un artículo de investigación (o cualquier otro reporte de investigación como una Tesis) usando una combinación de Markdown + R + BibTex directamente desde RStudio, en un proceso denominado “programación alfabetizada” (v.g., este artículo fue escrito enteramente así). Pero este un tema para otra entrada.

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